在刘裕篡位的那一天，他的心中怀念着一位已故的老友——谢混。谢混是名门谢安的孙子，以卓越的才华著称，留下了如“景昃鸣禽集，水木湛清华”等佳句，被誉为“江左第一的风华人物”。刘裕见到他也不禁赞叹，称其为“玉人”。然而，谢混并不站在刘裕一边。当年，刘裕任太尉的时候，满朝文武前来庆贺，唯独谢混姗姗来迟，其衣着凌乱，神情傲慢，完全不顾周围环境。此后，谢混选择了支持与刘裕对立的北府将领刘毅，随着刘毅的失败，他最终只能接受被捕入狱并赐死的命运。
当刘裕登基之时，谢混的族侄谢晦在旁感叹道，希望谢混还能为刘裕掌玺。这一礼节在当时的新君继位时被视为一种传统。刘裕听后叹息道：“我感到痛心，他过早地离世，未能让后辈领略到他的风采。”历史学家田余庆对此评论道，刘裕堪称“门阀政治的掘墓人”，承载起重建专制皇权的重要任务，恢复了中国古代皇朝所固有的权力架构与统治秩序。因此，这位新帝崛起之际，却惦记着那个代表了昔日辉煌的门阀时代的人物，彼时的盛世景象已随之渐行渐远。
早在刘裕称帝的十七年前，东晋已经经历过一次灭亡。公元403年，即元兴二年，正值荒年。自永嘉南渡后经济本该繁荣的江左地区却频发饥荒，导致不少民众因饥饿与疾病而陨落，史书记载，“饥馑疾疫”，“死伤惨重”。在这场灾难的阴影下，许多野心家蠢蠢欲动。控制荆州的桓玄趁机采取了禁运措施，封锁长江，令下游士兵连一口粮食都得以谷皮和橡实为生，东晋的国力因此大幅削弱。面对朝廷的怒斥，桓玄毫不犹豫地指挥大军向建康进发，迅速攻陷城池，斩杀了权臣司马道子及其子元显，随后废除晋安帝，自立为王，建立桓楚政权。
桓玄的叛乱，恰逢东晋门阀政治的衰退。起因是当时司马道子和元显父子所推行的一项改革，旨在解放原本的奴方，使各大郡的奴隶转为佃户，进而补充中央军队的兵员，这被称为“乐属”。然而，东晋朝廷的中央军力极为薄弱，士族往往通过地方力量与中央对抗。在此背景下，逐渐显现出荆州集团与北府集团两种地方军事势力。荆州军的由来可追溯至东晋成帝年间，由陶侃建立以镇压苏峻之乱。陶侃去世后，庾氏兄弟继续扩展势力，直至桓温成为荆州刺史，掌握了长江中上游的兵权，甚至萌生了篡位之心。
桓温去世后，桓氏家族与朝廷渐行渐远，失去权力。桓玄因朝廷猜忌直到二十三岁才任职于太子洗马，后调任义兴太守，远不如父辈显赫。他满怀愤懑，曾感慨道：“父亲曾为九州之伯，儿子现在却成了五湖之长。”可见他的反叛野心或早已根植心中。北府兵则源自平定苏峻之乱的另一缔造者郗鉴的军队。东晋时期，谢安的侄子谢玄招募有才能的士卒建立军队以保卫京师，因其多数将领任职于北府，故称之为北府兵。北府兵在淝水之战中展现出强大实力，是东晋的中流砥柱。在此战中，北府兵将领刘牢之以五千兵士一举击败前秦军队，声名大噪。
田余庆对此评论认为，东晋门阀政治的基本特征是“皇帝旁观、士族当权、流民守边”。当士族不断膨胀，长期控制地方兵力并对中央不屑一顾时，司马道子父子试图通过补充地方兵力以增强建康的军力，结果反而侵害了士族的利益，并激起民众的反抗，导致四面受敌。他们的政策造成浙东百姓不愿离开土地入伍，反而选择投身于五斗米道的首领孙恩之下。孙恩出身于五斗米道，如今却遭遇冷遇，渴求改变。因其父被朝廷杀害，孙恩逃亡后聚集百余人，在民间煽动起义，并在圣地五斗米道的影响下，成功聚拢了数十万不满农民，进而掀起浩荡动乱。
随着孙恩与卢循的起义，局势动荡不安，东晋军队与农民军展开对抗，造成了严重的抢掠与混乱，导致田地荒芜，饥荒及瘟疫随之而至。这个时候，桓玄所领导的荆州集团恰逢其时，趁机而入。纵使桓玄成功篡位，原本的灾难并未得以解决，史书记载“三吴大饥，户口减半，会稽亦减去三分之四，临海、永嘉几乎全数枯竭”。可见，司马道子父子虽才华平庸，身为宗室却能辅政、成为权势的代言人，岂不正是东晋末年门阀政治的缩影。
